C'est dans le contexte du démantèlement de l'Union des républiques socialistes soviétiques (URSS) que la république socialiste de l'Ouzbékistan accède à l'indépendance en 1991. Les communistes continuer de jouer un rôle important au sein du Parti démocratique du peuple de l'Ouzbékistan qui est au centre de la vie politique. Au cours des années 1990, le président Islam Karimov exerce un pouvoir autoritaire. Malgré la tenue d'élections, il conserve le pouvoir sans réelle opposition, une situation qui est critiquée par les observateurs étangers et les organisations internationales qui déplorent également les performances du pays au niveau du respect des droits de l'homme. Sur le plan économique, la proclamation d'indépendance est suivie par une lente et difficile transition vers une économie de marché.

Après l'accession à l'indépendance, l'Ouzbékistan conserve de bonnes relations avec la Russie. Elle joint les rangs de la Communauté des États indépendants (CEI) à sa création, en 1991, et forme, quelques années plus tard, une zone de libre-échange avec ses voisins du Kazakhstan et du Kirghizistan. Des tensions avec le Tadjikistan, déchiré par une guerre civile, et l'Afghanistan, où gouverne un régime islamiste, marquent les années 1990, décennie au cours de laquelle l'Ouzbékistan cherche également à établir des liens économiques plus étroits avec l'Occident, particulièrement les États-Unis qui lui apportent une aide importante. Cette relation se détériore toutefois et Tashkent effectue, à partir de 2005, un rapprochement avec la Russie et la Chine.